Yo diría que es como dice EdR, que accedas a los archivos desde DOS con este programa que carga el sistema NTFS: http://www.freewarefiles.com/program_9_90_11100.html Sino agarra algún programa grabador que te haga copias de seguridad de los dicos duros y que realices una. Después formateá todo.
Perdón, pero normalmente yo tengo un "problema" "similar" cuando cada tanto formateo la partición de Windows y me olvido de sacarle la contraseña a mi carpeta personal en la partición de datos. Lo que yo hago entonces es hacer click con el botón derecho en dicha carpeta, irme a "Propiedades", después a la ficha "Seguridad" y ahí le agrego el usuario que yo deseo que tenga acceso a esa carpeta. Si en la pantalla de "Propiedades" no te aparece la ficha "Seguridad", te tenés que ir a "Herramientas", "Opciones de carpeta", ficha "Ver" y ahí tenés que destildar la última opción que dice "Utilizar uso compartido simple de archivos (recomendado)". Sé que lo que te acabo de decir es medio complicado, pero ahora no tengo mucho tiempo, si creés que te puede funcionar lo que digo y si realmente te hace falta, después te armo una pseudo-guía con screens paso a paso así lo entendés mejor.