Trata de hacer una particion chica en el disco de 1 TB y proba correr windows ( o algun linux liviano si no hay espacio) a ver que pasa.
sip, tiene toda la pinta de ser ese disco. Lo que te comentaron arriba es lo mejor. Po casualidad no habías hecho check de sectores con CHKDSK o algún programa como Spinrite o HDtune? si hay problema en el disco con eso tiene que salir.
Que marca y modelo es el disco? porque cada empresa tiene un programa de diagnostico que se fija por modelo, seguramente tengas un reporte mas preciso ese. Seatools para Seagate, Drive Fitness para Hitachi, WD DataLifeGurard para Western Digital... fijate en la página de última.